查处褚时健这样一位风云人物，从京城到玉溪，层层都有阻力。
有的人怀疑，褚时健根本不缺钱花，除了高工资、高奖金，每年还享受20万元的特殊贡献奖，平时坐高级轿车，住高级宾馆，食美味佳肴，都是公家开支。他有钱没地方花。他要那么多钱干什么？他不会受贿索贿，不会贪污挪用。要提防保守派陷害改革派。造成新的冤假错案。
有的人感情上接受不了这种严酷的现实。认为褚时健任玉溪卷烟厂厂长16年，励精图治，呕心沥血，使一家名不见经传的小企业迅猛发展成为名扬天下的企业集团，没有功劳有苦劳，没有苦劳有疲劳，上级不会因为他有一点过错，就把他一脚踢开，这不符合党的惩前毖后，治病救人的原则。
有的人顾虑重重，查办褚时健，会不会把企业查垮了，影响企业稳定，影响云南的经济发展、财政收入？党政部门，都要依靠他发工资。红塔山集团不稳，全省党政干部收入不保。
等等。
因为有如此之多的阻力，所以查处褚时健，难度相当大。
褚时健在边关河口落网，转而立案侦查、监视居住、批捕，这表明了中央的决心。各种力量便发生了戏剧性的变化。阻力减小，有顾虑，有包袱的人变得勇敢起来。办案人员与涉案人员的谈话中发现，玉溪卷烟厂在厂外、境外设有10多亿元人民币和2500多万元美金的账外资金。
这笔钱是1991年至1995年玉溪卷烟厂销售“浮价烟”时，褚时健等人私设的“小金库”，分别存放在湘江、珠海的下属公司和广东的几家烟草公司。没有褚时健亲笔签署的授权委托书，任何人休想支取。工厂没有这笔账，只有褚时健的心腹、总会计师罗以军等少数人知道。褚时健像变戏法似的，一下将国家的巨额资金，变到了他自己的名下。国家再富有，褚时健之类多了，也会被掏空。
专案组追查这笔账外资金的用途。
在押的犯罪嫌疑人检举揭发：褚时健有严重的贪污问题。
专案组提审褚时健。开始，其态度傲慢、顽固，一举一动均表现出：舍我其谁。仿佛没有他，地球就会停止旋转。
专案人员明确向他宣布：中央领导表态，对褚时健，过不掩功，功不抵过。无论是谁，功劳再大，也不能违反党纪国法。云南省委领导表示：功是功，过是过。烟草业的腐败问题不解决，早晚会把云南的卷烟和烤烟搞垮。只有把毒瘤割掉，才能保证烟草行业健康发展。
褚时健的心理防线渐渐崩溃，首先供认了自己伙同烟厂副厂长乔发科、总会计师罗以军等共同贪污账外资金300多万美元的问题。
早在九十年代初，上级有关部门为解决卷烟生产辅料不足的问题，批准玉溪卷烟厂在完成国家调拨计划任务的前提下，再生产一部分卷烟，用来串换生产急需的卷烟辅料和钢材、水泥、化肥等生产资料。
批销这部分计划外卷烟的权力理所当然地掌握在褚时健手上。一把手什么都可以管，什么都可以不管，视需要而管。
当时的卷烟价格没有彻底放开，国家规定的卷烟出厂价较低，一条“红塔山”香烟，经销者从褚时健手中按出厂价批到后，拿到市场上销出，可赚50元左右的丰厚利润。“红塔山”卷烟走俏市场，经销者看准这中间的差价，都想从褚时健手中批到更多的“红塔山”。那些日子，玉溪卷烟厂人来人往，门庭若市，褚时健成了人们寻觅、包围、进攻的目标。
褚时健为官多年，精通权力的妙用。他没将玉溪卷烟厂生产的计划外卷烟用来串换生产资料，而是以高于国家调拨价的浮动价，批给了沿海沿边地区的县级烟草公司。
这些从褚时健手中批到浮价烟的经销者，一方面按调拨价给玉溪卷烟厂付款，一方面按玉溪卷烟厂指定的厂外其他账号汇去浮价款，前者给发票，后者不给发票。不给发票的浮价款，就成了玉溪卷烟厂的账外账。天长日久，浮价款越积越多，10万元，100万元，1000万元，1亿元，直至形成了拥有10多亿元的庞大的“小金库”。
这10多亿元，本是共和国的血液，然在共和国的账目上却找不到它的影子。
这10多亿元说得好听点，是玉溪卷烟厂的“小金库”、“小钱柜”，实际上成了褚时健的私房钱，他可以随心所欲的支出，不受任何监督。
市审计部门对玉溪卷烟厂的账目年年有审计，对这10多亿元的小金库，却长期以来没有察觉。在权力大于一切的社会，审计往往显得苍白无力，形同虚设。
到了1995年7月，褚时健觉得是支配这10多亿元私房钱的时候了。因为上级考虑让他退休，新的总裁即将接任。虽然还没明确新总裁是谁，反正他在总裁位置上的时日不多了。离开总裁位置，就得交出签字权。有签字权，他就是烟草王国的国王，要什么有什么，心想事成。交出了签字权，他就是烟草王国的平民百姓，要什么没什么，心想事难成。过了此山无好店。天天对别人喊把握机遇，这下到了自己该真正把握机遇的时
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